Measurement date December 18, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-12
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-12_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:32 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 18, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-12_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:10 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
3 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
8 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
21 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
26 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
35 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
36 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
43 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
44 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
45 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
46 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
47 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
53 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
85 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
86 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
89 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
102 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
106 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
107 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
108 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
113 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
117 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
118 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
119 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 227 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 54
Explained variance 99.0 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA008
ICA009
ICA013
ICA050
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
3 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
8 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
21 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
25 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
26 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
30 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
35 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
36 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
43 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
44 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
45 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
46 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
47 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
53 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
85 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
86 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
89 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
102 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
106 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
107 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
108 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
112 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
113 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
117 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
118 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
119 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 35 digitized points to head: 1.45 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found